人類の平和を守るアベンジャーズの戦いは、全世界に拡大。多くを救う反面、その被害の大きさから、アベンジャーズは国際的な政府組織の管理下に置かれる事態に。これによりトニー・スタークとスティーブ・ロジャースが対立、一触即発の緊張感が高まっていく中、さらにテロ事件の犯人として、バッキーが指名手配された。それを機に、アベンジャーズはついに分裂。世界を揺るがす禁断の戦い（シビル・ウォー）がはじまる。