大人気映画シリーズのアニメ化大冒険。高校生のニッキー・デイリーはアメリカ自然史博物館の警備員のアルバイトを始めることになる。日が暮れると魔法の石板によって展示物に命が吹き込まれるこの博物館の秘密を知っているニッキーは父の跡を継ぐ。ニッキーは小さい頃からの友達テディやサカジャウィア、レクシーとの再会を喜ぶ。しかし、復讐に燃えるカームンラーが地下から逃げ出し、冥界から自らの軍団を呼び戻そうと企む。