今年4月にアメリカやイギリスで配信された最新シーズンをテレビ初放送！英国を代表する作家アンソニー・ホロヴィッツのベストセラー「女王陛下の少年スパイ！ アレックス」シリーズの第5弾「スコルピア」を元にドラマ化された本シーズン。父親の過去を知るために訪れたマルタで、アレックスは謎めいた秘密組織“スコルピア”の存在を知り、ジュリア・ロスマンと出会う。やがて、アレックスの父親とスコルピアの関係が見えてくる。一方、イギリス政府はスコルピアが謎の武器“見えない剣”を使ってイギリスを壊滅させるという恐ろしいテロの脅迫を受け、アラン・ブラント率いる作戦局はスコルピアの追跡を始める。