鈴木亮平主演のドラマ「ＴＯＫＹＯ　ＭＥＲ〜走る緊急救命室〜」の劇場版第２作。ＴＯＫＹＯ　ＭＥＲの喜多見ら新チーム“南海ＭＥＲ”は大規模噴火が起きた島に急行する。“ＴＯＫＹＯ　ＭＥＲ”は実績が評価され、全国の各主要都市で新たなＭＥＲが誕生。一方、沖縄・鹿児島では海の島々を巡る“南海ＭＥＲ”の試験運用が開始。ＴＯＫＹＯのチーフドクター喜多見、看護師・夏梅は指導スタッフとして南海ＭＥＲに赴任する。そこである島で大規模な噴火が発生し、溶岩が村を焼き尽くし、巨大な噴石が道路や建物を破壊する。島に取り残された７９人全員の命を救うため、南海ＭＥＲは島に急行するが……。