ミュージカル演劇「ウィキッド」を映画化し、世界的にヒットした「ウィキッド　ふたりの魔女」の続編。“西の悪い魔女”エルファバと“善い魔女”グリンダのその後は……？緑色の肌で、“西の悪い魔女”と呼ばれてきたエルファバはシズ大学で後に“善い魔女”と呼ばれるグリンダと親友同士になったが、差別されている動物たちを救うかどうかを巡り、２人は異なる道を進むことに。そして現在。引き続いてエルファバは“オズの魔法使い”による圧政から動物たちを守ろうと戦うが一方、グリンダは“オズの国”で民衆から名声を得ていた。そこに“カンザスから来た少女”が現われ、事態は意外な方向へ……。