文明から隔絶された南海の孤島を舞台に、日本人の根源を描き切った今村昌平監督の傑作。神への畏怖と信仰が根付く南海の孤島・クラゲ島に大暴風と津波が直撃。嵐が去ると、神への供物を捧げる田んぼに巨石が屹立し、島民たちは神の怒りにふれたと恐れおののく。兵隊帰りの根吉が妹のウマと怪しい関係になっていることが凶事の元凶とされてしまい、根吉は鎖でつながれ穴を掘って巨石を始末するよう命じられてしまう。