ヨーロッパ旅行に出かけるピーター。だがそこに待っていたのは、元S.H.I.E.L.D.長官ニック・フューリーだった。新たな脅威を察したニックは、スパイダーマンの力を必要としていたのだ。各国を危機に陥れるのは、自然の力を操るクリーチャーたち。世界に脅威が迫る中、ニックはミステリオをピーターに引き合わせる。スパイダーマンはこの危機にどう立ち向かうのか―今、世界は彼に託される。