孤高の海賊ジャックの前に、過去にジャックが愛した女海賊アンジェリカが現れる。彼女が敵なのか、味方なのかも分からないまま、ジャックはアンジェリカと共に、永遠の命をもたらすという伝説の＜生命（いのち）の泉＞を探す旅に出る。その頃、史上最恐の海賊“黒ひげ”や、海軍に寝返った元海賊バルボッサも、この禁断の宝を求めて動き出していた。それぞれの野望と裏切りが渦巻く中で、＜生命の泉＞に辿り着くのは一体誰なのか。