パパとママ、7歳のティムの3人家族の元にやってきたのは、黒いスーツに白いシャツ、ネクタイをビシッと締め、チャキチャキと歩く赤ちゃん“ボス・ベイビー”。弟として迎えいれられた彼は普通じゃない。見た目は赤ちゃん、知能は大人だったのだ。最初は反発しあっていたティムとボス・ベイビーだったが、やがて世界を揺るがす巨大な陰謀に挑むことに！